AMHS的總控制系統，可總體控制全部搬送設備（例如OHS、OHT、AGV、Stocker）。MCS是Material Control System的簡稱。MCS能夠向工序區內的各個存儲和搬送設備發出命令，并跟蹤系統內搬送物的走向，同時還可添加額外功能以使其能夠靈活滿足客戶需要。
